基础医学院是浙江中医药大学历史最悠久的院系之一，学院始创于1984年，原为浙江中医学院基础部，1999年更名为基础医学系，2006年更名为基础医学院，目前共有教职工163人，下设15个教研室和机构，中高级职称人员占比84.05%。学院师资力量雄厚，拥有全国名中医、国家973项目首席科学家、国家万人计划“科技创新领军人才”、国家重点研发计划首席科学家、国家万人计划教学名师、“国家百千万人才工程”百层次人才、岐黄学者、浙江省“万人计划”教学名师等一大批高层次人才。

学院现有中医基础理论、中医临床基础、方剂学、中医医史文献、中医诊断学等5个中医学博士学位点和中西医结合基础博士学位点，中医学(含中医基础理论、中医临床基础、方剂学、中医医史文献、中医诊断学、中医内科学)硕士学位点6个、基础医学硕士学位点1个、中医药生物工程硕士学位点1个。现有博士生导师24人，硕士生导师63人。近年来，导师团队获得中国学位与研究生教育学会医药学研究生教育成果二等奖、浙江省科学技术进步一等奖、浙江省优秀研究生教学案例奖一等奖等奖项。研究生获得全国中医药优秀博士学位论文提名1项、省级优秀博士学位论文1项、提名1项、省级优秀硕士学位论文1项，参加“岐黄杯”、“远志杯”等国家级学术活动获奖共计20余次。

学院全力推进学科发展，拥有国家重点学科1个，国家中医药管理局重点学科4个，省重点建设高校优势特色学科1个，省一流学科2个，省重中之重学科3个，省重点学科2个，省中医药重点学科2个。拥有国家中医药管理局重点实验室、中医风湿病重点研究室、国家中医药科研三级实验室中医临床基础实验室、省“2011协同创新中心”免疫性疾病中医诊治协同创新中心、浙江省中医风湿免疫重点实验室、浙江省中医脑病重点实验室、浙江省中医“瘀毒证”重点实验室、中医“治未病”智慧健康浙江省工程研究中心、中药真实世界循证与转化浙江省工程研究中心、浙江中医药大学中医“治未病”智慧健康区域产业创新与发展软科学研究基地。

近五年，学院发表SCI收录文章300余篇，其中中科院一区论文23篇;主持各类项目约230项，获批直接经费超6100万元，其中国家级项目45项，省部级项目43项，包括国家重点研发计划项目2项，国家自然科学基金重点项目1项，国家自然基金区域创新发展联合基金重点项目1项，国家社会科学基金立项2项，浙江省尖兵领雁项目1项，省哲学社会科学规划重大课题1项;制定团体标准6项，获得软件著作权12项，授权专利38项;获得国家科学技术进步奖二等奖、省科学技术进步奖一等奖、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖、中华中医药学会科学技术奖一等奖等各类奖项共计80余项。

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