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病理性黄疸的主要原因有：
1、感染性
(1)新生儿肝炎：大多为胎儿在宫内由病毒感染所致，以巨细胞病毒最常见，其他为乙型肝炎、风疹、单纯疱疹、柯萨基、EB病毒、李斯特菌、梅毒螺旋体、弓形体等。感染可经胎盘传给胎儿或在通过产道分娩时被感染。
常在生后1-3周或更晚出现黄疸，病重时粪便色浅或灰白，尿色深黄，患儿可有厌食、呕吐、肝轻至中度增大。
(2)新生儿败血症。
2.非感染性
(1)新生儿溶血症。
(2)胆道闭锁目前已证实本症多数是由于宫内病毒感染所导致的生后进行性胆管炎、胆管纤维化和胆管闭锁;若管壁薄弱则形成胆总管囊肿。多在出生后2周始显黄疸并呈进行性加重;粪色由浅黄转为白色，肝进行性增大，边硬而光滑;肝功改变以结合胆红素增高为主。3个月后可逐渐发展为肝硬化。
(3)母乳性黄疸：大约1%母乳喂养的婴儿可发生母乳性黄疸，其特点是非溶血性未结合胆红素增高，常与生理性黄疸重叠且持续不退，血清胆红素可高达342μmol/L(20mg/dl)，婴儿一般状态良好，黄疸于4～12周后下降，无引起黄疸的其他病因可发现。
停止母乳喂养后3天，如黄疸下降即可确定诊断。目前认为是因为此种母乳内-葡萄糖醛酸酶活性过高，使胆红素在肠道内重吸收增加而引起黄疸;已有学者认为是此种母乳喂养患儿肠道内能使胆红素转变为尿、粪胆原的细菌过少所造成。
(4)遗传性疾病：红细胞6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺陷在我国南方多见，核黄疸发生率较高;其他如红细胞丙酮酸激酶缺陷病、球形红细胞增多症、半乳糖血症、α1抗胰蛋白酶缺乏症、囊性纤维病等。
(5)药物性黄疸：如由维生素K3、K4、新生霉素等药物引起者。
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