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根据生物途径和化学结构类型，生物碱可分为以下类型。
(1)鸟氨酸生物碱
1.吡咯烷生物碱：如益母草中的水苏碱，蜈蚣中的胭脂虫碱。
2.东莨菪生物碱：主要存在于茄科颠茄、曼陀罗、天仙子和天仙子中，如天仙子胺。
3.吡咯里西啶生物碱：吡咯里西啶是由两个吡咯烷共用一个氮原子缩合而成，主要分布于菊科千里光属植物中，如大叶千里光。
(2)赖氨酸生物碱
1.吡啶类：如胡椒中的胡椒碱、槟榔中的槟榔碱、槟榔碱等。
2.喹喔啉：由两个频哪酸和一个氮原子融合而成的衍生物。主要分布于豆科、石松科和石松科。如野菊花中的金雀花碱、苦参中的苦参碱。
3.中氮茚：是吡啶和吡咯的稠合衍生物，共有一个氮原子。主要分布在大戟科。这些化合物数量很少，但具有很强的生物活性。比如securin中的securin可以兴奋中枢神经系统。
(3)苯丙氨酸和酪氨酸生物碱
1.苯丙胺类生物碱：麻黄中的麻黄碱和伪麻黄碱。
2.异喹啉生物碱：
(1)小檗碱和原小檗碱：前者多为季铵碱，如黄连、黄柏、三针中的小檗碱;后者多为叔胺碱，如延胡索中的延胡索乙素。
(2)苄基异喹啉类：如罂粟中的罂粟碱、厚朴中的厚朴酚。
(3)双苄基异喹啉类：如防己科蝙蝠葛碱。
(4)吗啡类：如罂粟中的吗啡、可待因、青藤碱中的青藤碱等。
(4)色氨酸生物碱(吲哚生物碱)
它是一种类型多、结构复杂、化合物数量最多的生物碱。主要分布在马钱科、夹竹桃科、茜草科等几十个科。如吴茱萸中的吴茱萸碱，麦角菌中的麦角新碱。
(5)萜类生物碱
1.单萜生物碱：主要为环烯醚萜类生物碱，多分布于龙胆科。比如胆碱。
2.倍半萜生物碱：主要分布于兰科石斛属植物中，如石斛属植物中的石斛碱。
3.二萜生物碱主要存在于毛茛科乌头属、翠雀属和翠雀属植物中，其基本母核为四环二萜或五环二萜。如乌头碱、乌头碱。此外，紫杉烷生物碱如红豆杉中的紫杉醇也是二萜生物碱。具有抗癌作用。
(6)甾体生物碱
都有类固醇母核，但类固醇母核中没有氮原子。如黄杨木科黄杨木中存在环常青黄杨木素D，黑藜芦中存在藜芦胺。
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