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根据病原体来源的不同，可分为外源性感染和内源性感染。
1.外源性感染(交叉感染)
外源性感染，也称为交叉感染或可预防感染，通常是指来自外部患者的病原体的医院感染，如其他患者、病原体携带者，包括医院工作人员和来访者，以及被污染的医疗设备、血液制品、病房材料和环境。近年来，一些人将引起医院内感染的病原体称为交叉感染;来自医院环境的病原体称为环境感染。
2.内源性感染(自身感染)
内源性感染也称为自身感染或不可预防感染(确切地说，称之为难以预防感染更为恰当)。引起这种感染的微生物来自患者体内或体表的正常菌群或条件致病菌，包括来自其他患者或周围环境但已在患者体内定植的微生物。比如肠道、口腔、呼吸道、阴道、尿道、皮肤往往构成内源性感染微生物的“贮藏库”。
平时在这些部位定殖的正常菌群对宿主没有致病性，形成相互依存、相互制约的生态系统。但当患者健康状况较差时，抵抗力下降或免疫功能受损，应用抗生素等因素可导致菌群失调或原有生态平衡失调，菌群移位(易位)，从而引起感染。
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