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肠套叠常见的临床分类按病因可分为原发性和继发性。原发性肠套叠绝大多数发生在婴儿，尤其是4月至11月，男童约为女童的两倍。一般认为小儿常发生肠蠕动功能障碍和肠痉挛，严重持续的痉挛段可通过近端蠕动力推入相连的远端肠段，尤其回盲部处于垂直连续位置。
继发性肠套叠多见于成人患者，是由于肠壁或管腔内的器质性病变(如息肉、肿瘤、梅克尔憩室内翻、阑尾残端肠内翻等)所致。)被蠕动推向远侧，附着肿瘤的肠壁被折叠到远肠腔内。根据发病部位可分为回肠-结肠型、回肠-盲肠-结肠型、小肠-小肠型和结肠-结肠型。
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