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呼吸道病毒侵入人体呼吸道表面的纤毛上皮细胞，在其中复制和传播，直接造成被感染细胞的损伤，引起局部疾病或全身毒性血液症状。一些病毒引起的组织损伤可能是由机体的免疫反应介导的。
如呼吸道合胞病毒对呼吸道纤毛上皮细胞的直接损害最轻，但可引起婴幼儿严重的呼吸道疾病;最脆弱的年龄是母体抗体水平最高的阶段;接种疫苗后，自然感染者病情加重，提示该病可能与免疫应答有关。
呼吸道病毒感染的病理改变包括鼻粘膜、咽喉充血、水肿、渗出和单核细胞浸润，部分细胞可能发生变性、坏死和脱落。上皮细胞的细胞质或细胞核中可见包涵体。病变程度与病毒类型、类型和感染部位有关。
在轻微的情况下，上皮细胞可以再生，几天后恢复正常。如果病变涉及细支气管，可能发生上皮细胞坏死和脱落，细支气管壁有广泛的单核细胞浸润。纤维蛋白、细胞碎片和粘性粘液可能堵塞管腔，导致肺不张和肺气肿。
病毒性肺炎最初表现为进行性纤毛减少、上皮细胞空泡形成，随后是上皮细胞变性、肺泡实质坏死和塌陷、肺泡壁坏死和增厚、间质水肿以及单核细胞和淋巴细胞浸润。当并发细菌感染时，可见粘膜充血、中性粒细胞浸润和粘液脓性分泌物。严重者可出现肺脓肿、败血症、多器官化脓性改变。
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